1994年4月，经国家教委批准，哈尔滨船舶工程学院更名为哈尔滨工程大学。1996年，学校通过 “211工程”预审，成为国家“211工程”的首批建设学校。2002年，教育部批准试办研究生院。2002年科技部教育部批准启动建设“国家大学科技园”。2002年国防科工委、黑龙江省政府确定实施重点共建。2003年，学校研究生院正式挂牌。2007年，国防科工委、教育部、黑龙江省政府、海军四方共建哈尔滨工程大学。2008年，学校划归工业和信息化部管理。2010年，学校跻身国家“优势学科平台”建设高校。2017年学校以鲜明的“三海一核”特色优势进入国家“双一流”建设行列。2019年，成为工业和信息化部、教育部、黑龙江省人民政府、哈尔滨市人民政府共建高校。